Auch wenn das Bestreben von zielgerichteten Therapien eine nebenwirkungsarme Behandlung speziell auf die Krebszellen ist, können Nebenwirkungen auch hier nicht ausgeschlossen werden. Die Prozesse, die durch die zielgerichteten Medikamente gestört werden, kommen teilweise auch in gesunden Zellen vor, weshalb es auch in der zielgerichteten Krebstherapie zur Störung normaler Zellprozesse und somit zu Nebenwirkungen kommen kann.
Die genaue Art der Nebenwirkungen hängt vom Medikament ab, das verabreicht wird. Übliche Nebenwirkungen können Schädigungen von Haut, Haaren und Nägel, des Herz- und Blutkreislaufes, der Leber oder Durchfall sein. Vor der Einleitung einer zielgerichteten Therapie muss ein ausführliches Aufklärungsgespräch durch das behandelnde Ärzteteam erfolgen.
Zudem kann es auch bei zielgerichteten Therapien zu Wechselwirkungen mit anderen Medikamenten und Nahrungsergänzungsmitteln kommen. Eine Absprache mit dem behandelnden Ärzteteam ist deshalb vor Einnahme unbedingt notwendig.