Die eigentliche molekulare Testung birgt keine medizinischen Risiken. In den meisten Fällen kann hierfür eine Probe des Tumors genutzt werden, die im Rahmen der Routinebehandlung entnommen wurde.
Manchmal kann es allerdings sinnvoll sein, zu diesem Zweck eine neue Gewebeprobe zu entnehmen oder eine Blutprobe zu untersuchen. Dabei entstehen die Risiken, die immer mit einer solchen Probengewinnung einhergehen. Diese Risiken unterscheiden sich je nach Entnahmeverfahren. Allgemeine Risiken sind Blutungen und Blutergüsse im Bereich der Entnahmestellung, Keimbesiedelung und Infektion der Entnahmestelle, Wundheilungsstörungen, Verschleppung von Tumorzellen und Bildung von Metastasen im Entnahmekanal (selten) und Verletzung benachbarter Gewebestrukturen (wie Organe, Nerven).