Mit der Verabreichung von Radiopharmaka ist immer eine gewisse Strahlenbelastung verbunden. Eine längerfristige schädliche Wirkung ist jedoch nahezu auszuschließen. Patienten sollten in aller Regel nach einer nuklearmedizinischen Untersuchung viel Trinken, um die radioaktive Substanz schneller auszuscheiden, da die Substanzen meistens über die Nieren ausgeschieden werden.
Dadurch kann die Strahlenbelastung reduziert werden. Da Patienten nach der Untersuchung selbst strahlen, wird jedoch empfohlen, am Tag der Untersuchung den Kontakt mit kleinen Kindern und Schwangeren auf ein Mindestmaß zu reduzieren.
Aufgrund der nur sehr geringen Menge an chemisch wirksamen Substanzen der eingesetzten Radiopharmaka sind allergische Reaktionen auf das verabreichte Radiopharmakon bzw. der ggf. darin befindlichen Lösungsmittel sehr selten, können theoretisch aber nicht ausgeschlossen werden. Das Risiko ist hierbei um eine vielfaches niedriger als bei MRT- oder CT-Kontrastmittel.