Mit der Sonographie kann nahezu jeder Körperbereich untersucht werden. Sie eignet sich v.a. für oberflächliche Strukturen, aber auch tiefergelegene Organe können mit entsprechenden Schallköpfen untersucht werden. Gewebe, welches hinter luftgefüllten oder knöchernen Strukturen liegt, kann nicht beurteilt werden, d.h. die Untersuchung des Gehirns ist nur bei Kindern möglich, weil die Schädelnähte noch nicht verknöchert sind. Auch das Rückenmark und das Lungengewebe können mit der Sonographie nicht beurteilt werden, wohl aber Flüssigkeit, welche der Lunge aufliegt (sogenannter Pleuraerguss).
Die Sonographie eignet sich aber hervorragend zur Beurteilung des Herzens, der Bauch- und Beckenorgane und dem Bewegungsapparat, v.a. Muskeln und Sehnen, aber auch oberflächlich gelegenen knöchernen Strukturen, wie z.B. den Rippen und Extremitäten.